Больших проблем с запуском .NET под mono нет, но есть мелкие нюансы, которые по началу неожиданно всплывают. Например, пришлось отказаться от JsonResult — как-то он не так сеарилизовывал объекты в .NET и Mono. Было что-то ещё, но все эти проблемы легко решаются и больше к ним не возвращаешься.
Нагрузочных тестов не делал, поскольку нагрузка почти никакая. Крутится небольшое корпоративное приложение на серверной Ubunte в виртуалке (xsp+nginx).