Можно добавить глобальный флаг, а внутри функции проверить с помощью if был ли вызов функции. Если был, то ничего не делать. Есть не был, то перевернуть флаг и вызвать функцию.
wasFunctionInvoked = false;
$(document).on('scroll', function () {
if (!wasFunctionInvoked) {
wasFunctionInvoked = true;
var position = window.pageYOffset ? window.pageYOffset : document.body.scrollTop;
var block_position = $('div').offset().top;
if ((position + 600) > block_position) {
//Тут код
}
} else {
// doNothing
}
});