Я пробовал tello, mind maps и другие специальные средства...
Еще пробовал на бумажке...
Но в итоге по каждому проекту создаю документ на cloud.mail.ru,
и веду его таблицами - обычно в две колонки.
Почему-то формат таблицы мне помогает - просто разметка на прямоугольники, без всяких подписей.
Так вот, сначала создаю таблицу ПЛАН и там пишу этапы, которые я думаю придется сделать.
Пункт, который мне кажется важным и чтобы не забыть, что я им занимаюсь - помечаю серым фоном.
А пункты, которые уже сделал - делаю серый цвет шрифта.
А после плана - создаю уже таблицы по пунктам этого плана.
Если накапливается больше 10 страниц - иногда создаю второй документ.
Так, я накапливаю информацию по пунктам в таблицах - это может быть ход эксперимента, или записи по ходу изучения какой-то статьи, и не хожу по кругу.
Почему cloud.mail.ru - ну, просто у него нормально word поддерживается и мне нравится их прямая система показа папок. Яндекс, гугл драйв и дропбокс я тоже использую для работы, но пишу документы в mail.ru