Too many connections — енто я объясню. На myisam нельзя делать так как вы описали. Активные селекты блокируют всю таблицу и инсерты ждут снятия блокировки. Получается, если ваш селект тормознул хотя бы на секунду, то по вашим данным в очереди набилось уже 1000 инсертов. Вот вам и too many connections.
Переключайтесь на иннодб, она помедленнее, но блокировки там на уровне строки и от сбоя она хорошо восстанавливается.
И лучше сделать один extended insert на 1000 строк, чем 1000 инсертов по одной строке. Подумайте над этим.
