У нас подобная проблема была, так как все крутиться на виндовом сервере и недоставало галочки в настройках плагина:
plugin»ckgedit»nix_style
Для серверов Windows (Vista и более поздние версии). Этот параметр делает возможным доступ к данным\медиа через ckgedit\CKeditor\Пользовательские файлы, если ссылки на медиа и файлы были успешно создан в пользовательских файлах.