Берясь за написания импорта я обычно стараюсь думать не о том как побыстрее обновить побольше товаров, а о том, как побольше товаров не обновлять.
Первая и самая простая оптимизация добавить к свойствам товаров еще одно - HASH и писать туда md5 от сереилазованного массива которым вы хотите обновить товар. Дальше, при следующем обновлении вы перед Update будете вычислять от сериалазованного массива которым хотите обновить товар, этот Hash и обновлять товар только если он не совпадает с сохраненным хэшем и записывать этот новый хэш.
Такая схема очень удобна в случае если источник не умеет отдавать только изменившиеся товары или товар состоит из нескольких элементов ИБ (Товар+Торговое предложени+Элемент свойств). Кроме того помним что цена тоже хранится отдельной сущностью и для нее можно провернуть тот же трюк. Вычислить md5 прямо сильно быстрее чем сделать запись.
Кроме того следите за тем чтобы вашем кастомном импорте не было ничего кроме записи в update внутри цикла. А то всякое видеть приходилось.
Вообще записать 1000 товаров за минуту в базу, без картинок - это полная ерунда. Должно хватить любой производительности, если конечно не выяснится что у вас не 100 ТП к каждому товару.
И да - убедитесь, что и товары и ТП и все ИБ в которые вы пишите во время импорта хранят свойства в отдельных таблицах, а не в общей.