Спасибо, но это не о том.
В дефолтном gai.conf как раз прописано, что IPv6 всегда имеет приоритет (что мне и нужно), вне зависимости от типа адреса на интерфейсе. А в моей системе получается, что приоритет зависит от того, global unique адрес на IPv6 интерфейсе, или нет.
----
Покопал исходники, это поведение зашито на уровне системного вызова, исправить конфигом нереально.