<script> все равно будет выполнен интерпретатором. Оберните этот элемент в условный комментарий в РНР, чтобы исключить его на этапе генерации страницы, либо сделайте то же самое с его кодом JS на странице, как это отметили выше.
WHERE id=$id так как SQL не знает о синтаксисе С. И я не понял зачем у вас перезаписывается первичный ключ.