По скриншотам трудно гадать, может дело в таблице, которая, скорее всего, генерится скриптом.
Вот пример рабочего лэйаута c фиксированными хеадером и футером и прокруткой посередине
codepen.io/paulradzkov/pen/mPwyYO?editors=1100
Общая рекомендация: не использовать короткую запись «flex: 1», т.к. в разных браузерах есть разночтения по поводу. Лучше указывать явно «flex-grow: 1».
Про этот и другие баги флексов можно почитать тут
https://github.com/philipwalton/flexbugs