Павел

SELECT *
FROM table1
WHERE id IN ( select id 
from table1 GROUP BY id
HAVING SUM(кол-во)) >= 2

Сколько всего записей у вас в таблице?
Проиндексированы ли поля, по которым выбираются записи на удаление.
Если вы удаляете большую часть данных - возможно имеет смысл перенести только нужные данные в отдельную таблицу, удалить старую таблицу, переименовать новую таблицу в старую, построить необходимые индексы.

Для Mining Structure Key Column это уникальный идентификатор строки, в Вашем случае это ключ транзакции