Для цветной карты можно использовать матрицу в свг. Правда, это по-прежнему не работает в ИЕ, в последнем проекте клиент забил на ИЕ и согласился на такой вариант:
CSS:
[class*="ymaps-2"][class*="-ground-pane"] {
-webkit-filter: grayscale(100%) url(/path-to-svg/yellowfilter.svg#yellowfilter);
filter: grayscale(100%) url(/path-to-svg/yellowfilter.svg#yellowfilter);
}
SVG:
<svg version="1.1" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg">
<filter id="yellowfilter">
<feColorMatrix
type="matrix"
values="0.95 0 0 0 0
0 0.77 0 0 0
0 0 0.07 0 0
0 0 0 1 0" />
</filter>
</svg>
Чтобы получить матрицу для нужного вам цвета, используйте сервис
andresgalante.com/RGBAtoFeColorMatrix
Результат: