1)Использую proftpd с разграничением доступа. Из моих клиентов только один пользуется ФТП, у него никаких проблем не возникает, все права настраиваются правильно.
2)У каждого клиента своя папка в home, т.к. у меня юзается только nginx, то в нем и в php-fpm настроена работа под правами именно этого пользователя. Пока никаких проблем небыло.
3)По поводу рута, что мешает _зайти_ под непривелигиорванным и выполнить в консоли su root
4)Все эти веб-морды втопку, только консоль, чтобы админ понимал что он делает и как.
P.S. Холивара ради - я за Debian! В_лес этот центос!