Сталкивался с такой же проблемой при обновлении сертификата.
Дело в том что при обновлении certbot считывает другой конфиг - в котором должен быть прописан путь именно до вашего сайта /etc/letsencrypt/renewal/yoursite.ru.conf
И вот в нём последние строки должны соответствовать местонахождению сайта.
authenticator = webroot
webroot_path = /var/www/html,
server = https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory
[[webroot_map]]
yoursite.ru = /var/www/yoursite.ru
www.yoursite.ru = /var/www/yoursite.ru
yoursite.ru - это Ваш домен.
