Par Mactep

Сорян за некропостинг, но вероятно буду сам впоследствии искать ответ на вопрос.
В настройках контроллера SATA VirtualBox есть галочка "Кеширование ввода/вывода". Вот она и решила проблему.

в меню у ISPConfig в разделе "утилиты" есть утилита resync