в robots.txt один сайтмап нужен. По остальным бот сам перейдет.
Посмотрите в вебмастерах Яндекса и Гугла - отправить можно только один сайтмап.
У яндекса четкое распределение по регионам. Сделайте для второго сайт другие контакты с разметкой schema.org. В вебмастере сделайте региональную привязку обоим сайтам. И все будет в порядке.
А одинаковое содержание описаний товаров - это вполне естественно для интернет-магазинов.