Вобщем сделал следующим образом.
Тему поделил на такие части:
1. Маска. Переопределяет сетку сайта. Может быть полностью новый дизайн.
2. Модификации. Переопределяет отдельные части сайта. Виджеты, компоненты, списки или что-то еще.
3. Стили. Содержит только переменные с цветами, шрифтами, картинками и тд.
4. Темы. Содержит sass файл, содержит только инклуды вышеперечисленных файлов. Компилится в соответствующее место в папке web
themes
v1
mask
sass
views
mods
footer.v2
leftsidebar
styles
default
darkblue
themes
default
sass
darkblue
sass
v2
mask
mods
styles
themes