На старой версии я не припоминаю такой проблемы, на новой установки, в cli все ок, а в fpm нет.
Перепробовал все, вернул потом все взад, а помогло как написано
тут
в файле /etc/php/5.6/fpm/pool.d/www.conf прописать (12.2 заменить на свою версию)
env[LD_LIBRARY_PATH] = /usr/lib/oracle/12.2/client64/lib
env[ORACLE_HOME] = /usr/lib/oracle/12.2/client64/lib