padlyuck

выделите свою папку app в отдельный репозиторий. подругому никак

переустановите просто поверх установленной. там дела на три минуты если у вас калькулятор вместо компьютера.
P.S. задавая вопрос стоит указывать больше конкретики. в вашем случае ОС и сборку гита которую ставите(если на винде).

$ (master) git checkout -b feature
#редактируем, коммитим, снова редактируем, опять коммитим
$ (feature) git checkout master
$ (feature) git merge feature --no-ff -m 'v2.0.1'

больше информации здесь https://habrahabr.ru/post/195674/ ищите по тексту no-ff

git remote rm origin

git commit сначала нужно

Я в таком случае форкаю пакет в котором нужно сделать изменения, в новой ветке делаю необходимые изменения, и в composer.json прописываю дополнительный репозиторий. Выглядит примерно так

{
    "require": {
        "original-vendor/original-package-name": "dev-my-branch-name"
    },
    "repositories": [
        {
            "type": "vcs",
            "url": "https://github.com/my-nickname/my-fork-url.git"
        }
   ]
}

где my-branch-name имя ветки в моем репозитории