речь идет о фреймворке Twitter Bootstrap, предположим исходный файл был в html с указанными библиотеками, содержимое этого файла скопировали в php файл , разметка есть, компоненты есть но не работают,
В результате для тех, у кого будет что-то похожее:
в php файле уже обрабатывался другой файл через include_once, который также содержал скрипт bootstrap в результате все решилось удалением строчки из скрипта