Делегировал поддомен acme.$mydomain на сторонний бесплатный DNS-хостинг (netbreeze.net, он же dns-hosting.ru), там завел требуемую яндексом CNAME-запись и сутки спустя обнаружил, что поддомен успешно прошел валидацию. После этого делегировал поддомен на Яндекс.ПДД и получил желаемое.
Вопрос можно считать закрытым.