долго искал и остановился на Дизайнере в phpMyAdmin
более менее удобен, легко ставится, да и phpmyadmin обычно везде есть
www.phpmyadmin.net/home_page/images/screenshots/designer.png
десктопной утилиты я так и не нашел…
был dbdesigner, потом от него остался fork, и тот вроде загнулся…
