Любая программа для поиска дубликатов по содержимому файлов поможет в этом нелегком деле.
Для каждого типа файлов может быть разная, универсальных нет.
Для графических файлов их множество, Для аудио Similarity неплоха. С момента последнего использования симиларити, по-моему стал уже более функциональным комбайном(не только аудио жрет) + есть аппаратное ускорение
UPD:150415
Выкинь R-studio, пересканируй в Active Undelete (в v10.43 появилась почти профессиональная опция позволяющая перепрыгивать бэды в районе +/-512 секторов)