osmolka

На основное меню (.topMenu) фигачишь стили, типа такие:
z-index: 990;
position: fixed;
top: 0;
width: 100%;
background-color: inherit;
background-image: inherit;

Затем скрипт

<script type="text/javascript">
    $(window).scroll(function() {    
    var scroll = $(window).scrollTop();

    if (scroll >= 100) {
        $(".topMenu").addClass("darkHeader");
    } else {
        $(".topMenu").removeClass("darkHeader");
    }
});
</script>

И в классе darkHeader прописываешь уже другие стили (background и т.д.)