Привет!
Может быть все что угодно, от медленных дисков, до шейпинга пакетов файрволом билайна в этом направлении. Попробуйте то же самое от другого провайдера (из дома например). Если картина такая же, тогда смотрите в сторону загрузки дисков / процессора сервера в момент запроса.
Если ничего не помогает, советую писать, а лучше звонить в ТП хетцнера
