Секрет весь в том, что макет должен быть изначально 12 колоночный и все элементы, должны быть выравнены относительно колонок. Т.е. дизайнер берет сетку bootstrap-а и по ней располагает элементы с учетом требований (фиксированая ширина или резина и т.д.). Причем для каждого разрешения делается свой дизайн.
Если, у тебя изначально этого нет, значит либо все подгоняется под сетку "руками", если заказчик не против, либо сетка bootstrapa не используется и расположение элементов задаются обычными, подходящими блоками, чтобы получить пиксель-в-пиксель относительно макета.