Первый раз проблема была решена после того как я разобрал ноут и поменял термопасту.
По состоянию старой термопасты могу сказать что она была свежая и в правильном количестве. Система охлаждения была затянута хорошо.
Но не прошло и недели как проблема также внезапно вернулась. Ноутбук я за это время даже не трогал, он стоит в разложенном состоянии и к нему подключены клава и мышь. Так что физическое воздействие исключено.
При повторной разборке обнаружил что на половине кристалла процессора термопасты почти не было (фото). Причём там где не было термопасты на проце, её не было и на площадке системы охлаждения. Видимо при циклах нагрева/охлаждения она выдавилась и оставила воздушный зазор.
Во второй раз нанёс термопасту в большом количестве, чтобы при выдавливании воздуху не от куда было поступить. Пока не знаю, поможет ли на длительном отрезке времени. В случае если проблема вернётся - дополню свой ответ.
UPD: Примерно через месяц всё стало по новой, опять завышенные температуры на 2х ядрах с одной стороны. Разница холодной и горячей сторон процессора в 15 градусов примерно. Причина была в погнутой системе охлаждения, а именно площадка для процессора была наклонена ближе к процессору чем нужно. Я осторожно подправил СО вручную и проблема ушла. 
