1)Определитесь кто у вас ложит сайт, медленный пхп+апач или же медленные запросы в мускул
2)Если апач+пхп сносите апц ставьте еакселератор, он существенно лучше себя показывает + к нгинксу прикручивайте php=fmp.
3)Если мускул ложит сайт, то тут уже не обойтись без оптимизации запросов, моя практика показала что существенно лучших результатов работы сайта просто подкруткой настроек мускула не добиться, один длинный запрос будет ложить сайт всегда и успешно, надо найти какие запросы ложат сайт, и потом либо отключить этот функционал если он не важен или же переписать запрос прямо.
4)Частично временно улучшить жизнь может помочь разнесение бд и апача на разные хосты.
