так вы логи сфинкса то посмотрели бы , ну и очевидно что если говорит индекса нет то он не подхватил ваш конфиг а взял какой то другой
ну и непонятно почему конфиг называется sphinx.conf.IN
сфинкс не добавляет в индекс запятые , то есть в индексе их нет , в консоли потыкайте поиску руками и посмотрите какие веса получает ваш запрос в найденных результатах.