На правах гадалки, я ведь не знаю, что в качестве ftp сервера используется..
по-умолчанию в centos используется vsftpd, в котором опять-таки по-умолчанию, извините за тавтологию, запрещено пользователям выходить за пределы домашнего каталога (/etc/vsftpd/vsftpd.conf - chroot_local_user=yes). Хотите подробнее - погуглите "vsftpd symlink".
Варианты - или chroot_local_user=no , что не кошерно, пользователь получает доступ ко всему, или mount --bind вместо симлинков
