Виктор

Сразу натягивать дизайн на движек магазина. Вначале на страничный функционал, а потом на функционал магаза.

Если сервак выделенный, то установить сервис atop - отслеживает и записывает в лог файл состояния проца, памяти, обращений к диску, сеть и прочее, хоть каждую секунду. Потом лог можно открыть и посмотреть, какая прога как себя вела.

Из моей практики делаю две папки:
1. vendor - для скриптов php, в которой htaccess с записью: deny from all
2. media - в которой css, js, img файлы для открытого доступа