Чтобы не было потом косяков с редиректами, лучше сделать symlink. Закидываешь папку с проектом в корень домена (рядом с папкой public_html). Удаляешь public_html, остается только папка с проектом. Подключаешься по ssh, переходить в папку с доменом при помощи cd (на скрине для примера папка с доменом называется site.com, папка с проектом project), и вводишь команду
ln -s project/public public_html
она и создаст необходимую ссылку
