1. На настоящий момент ASP.NET MVC поддерживает же Web API. Почему бы его не использовать? Очень удобно как раз для разработки API для клиента. (www.asp.net/web-api);

2. В Windows Phone приложениях настройки рекомендуется хранить в IsolatedStorageSettings.
Пример использования и хелперный класс для реализации простого кэширования любых данных опубликовал на PasteBin (pastebin.com/4p5j18u9). Стоит отметить, что хранение пароля пользователя в открытом виде в IsolatedStorageSettings не рекомендуется. Для таких случаев лучше его зашифровать. Пример можно посмотреть на SOF (stackoverflow.com/questions/8985717/is-there-a-sta...

3. Для использования в разных местах приложения одинаковых элементов целесообразно добавить в проект UserControl, определить его дизайн (+ логику) и использовать в любом месте в приложении. Если предполагается, что это какой-то элемент, который располагается на каждой странице на одном и том же месте (какой-нибудь заголовок, например), то можно создать новый стиль и в нём изменить шаблон PhoneApplicationFrame. PhoneApplicationFrame - это корневой элемент в разметке Windows Phone приложения, в нём уже непосредственно рендерятся страницы приложения PhoneApplicationPage, собственно. Пример изменения шаблона можно посмотреть на SOF (stackoverflow.com/questions/17569403/phoneapplicat...
Для пагинации при прокрутке, нужно уже конкретный случай рассматривать. Самый простой -- использовать встроенный контрол Pivot, в него добавлять PivotItems, смена которых будет осуществляться свайпами влево-вправо.