Как зафиксировать абсолютный путь до файлов настроек?

Можно указать путь один раз на этапе компиляции:

package main

import "fmt"

var cfgDir string

func main() {
    fmt.Println(cfgDir)
}

Собирать можно вот так: go build -ldflags "-X main.cfgDir=$(pwd)" main.go

Git: Как правильно работать в команде?

а вы делали коммит после git add .? Ведь коммит из текста вопроса не был выполнен, тк. не было изменений.