Если вам нравится использовать имя master для главной ветки, то можно глобально для аккаунта настроить имя главной ветки для всех новых репозиториев.
Также можно изменить имя главной ветки в отдельно взятом репозитории.
Если вы хотите использовать имя main, то переименуйте локальную ветку в main и запушите ее на гитхаб (возможно с ключом --force, если есть расхождения в коммитах, и коммиты в удаленном репо не важны). Лишние ветки можно удалить как локально, так и через интерфейс гатхаба.