гитозис — система костылей, можешь поступить в соответствии с его заветами ;) Напиши скрипт, который будет проверять workspace на наличие новых проектов и дописывать из в конфиг гитозиса. Потом повесь этот скрипт на обновления файлов в папочке workspace (типа того:
www.ibm.com/developerworks/linux/library/l-inotify/?ca=drs-) и будет счастье ;)
