Почему не работает babel-node?

Рекомендую использовать require вместо import.
Сейчас node.js поддерживает почти все фичи, кроме import/export, стоит ли использовать инструменты, про которые написано "Not meant for production use!"

Книга или ресурсы по node.js?

Читал первое издание. В основном, про express, для старта может и норм, но потом лучше документацию читать.