xargs rm < список.txt
P.S. Прежде, чем выполнять, незабудьте перейти в каталог, в котором находится каталог uploads или же список должен состоять из абсолютных путей к файлам.
Проще использовать pgrep sshd - если будет номер PID, значит запущен.
Гляньте в /var/log/auth.log.
Проверьте в sshd.conf:
-какой протокол слушает sshd: v1 или v2. Соотоветственно, в путти, тоже.
-разрешен ли логин по паролю, а не только по ключу (конечно, правильнее ключ использовать, но на этом этапе надо проверить).
