Когда я звоню кому-то, в логах заносится местоположение (моё и принимающего звонок)?
Регистрируется моё местоположение при "лежании в кармане"?
Регистрируется базовая станция, к которой привязаны. Вся история мест хранится.
Хранятся ли СМС текст и записи разговоров у оператора?
СМС точно хранятся, срок не знаю. Звонки, (предполагаю!), тоже, но возможно, глубина архива меньше, чем смс.
Можно ли как-то шифровать звонки/смс? Насколько я понял, если такое возможно, то только при наличии одинакового софта на обоих устройствах?
Поверх транспорта GSM шифровать нельзя. Только через IP. Необязательно одинаковый софт, достаточно использования одинаковых протоколов шифрования.