Немного раскрою предыдущий ответ. Причина в том, что картинки не успевают загрузиться, поэтому masonry не знает их размеров и позиционирует элементы только с учетом размеров тех картинок, которые успели прогрузиться. Поэтому вам так или иначе нужно дождаться загрузки всех картинок, только после этого запускать masonry, например, как сказал Денис Васильев, использовать imagesLoaded.