Вопрос конечно каша, но давайте попробуем:
1) Никаких двух бд не надо
2) Для пользователей создается таблица например Users, в которой хранятся почта, хеш пароля, имя, и т.д, то есть информация об аккаунте
3) Для персонажей игры создается отдельная таблица например Heroes. В ней храните уже информацию о персонаже игры и поле user_id, чтобы было понятно какому пользователю принадлежит персонаж.
4) Все остальные таблицы вроде Инвентарь и прочее должны ссылаться на таблицу Heroes и хранить hero_id.
5) Профит