Я не совсем понял, надо ли добавлять элементы по одному. Если нет, то я сделал бы так:

Repeater {
            model: mainModel
            anchors.fill: parent
            Rectangle {
                width: 100
                height: 100
                color: model.color
                z: index
                x: model.x
                y: model.y
                MouseArea {
                    anchors.fill: parent
                    onClicked: Qt.quit()
                }
            }
        }

Если же надо добавлять элементы динамически, то:

Repeater {
            id: repeater
            model: mainModel
            anchors.fill: parent
            property int counter: 0
            Rectangle {
                width: 100
                height: 100
                color: model.color
                visible: index<=repeater.counter
                z: index
                x: model.x
                y: model.y
                MouseArea {
                    anchors.fill: parent
                    onClicked: {
                        repeater.counter++
                    }
                }
            }
        }