Вы путаете. Есть закрытый и открытый ключ. Сертификат же это цифровой или бумажный документ, подтверждающий соответствие между открытым ключом и информацией, идентифицирующей владельца ключа.
Вы шифруете на открытом ключе ваш PDF документ, расшифровать документ вы можете только зная закрытый ключ записанный на ключевой носитель и безопасность которого вы должны обеспечивать.
Советую изучить основы криптографии. "Украв" сертификат вы зашифрованное PDF не откроете.