Мне в бутстрап не нравится то, что в нём высокий уровень связанности кода (high cohesion). Т.е. вы управляете однотипными элементами не из одного места через css, применяя в т.ч. наследование, а из непосредственно html-кода через классы элементов. Мне кажется, это главный недостаток.
