У вас на сайте jQuery загружается позже, чем скрипт main.js. На момент выполнения main.js интерпретатор не знает о существовании объекта jQuery.
Корректный способ подключения скриптов в Wordpress:
<?php
function my_scripts_method() {
wp_enqueue_script(
'custom-script',
get_template_directory_uri() . '/js/main.js',
array('jquery')
);
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'my_scripts_method');
?>
Подробнее в
документации 
