Дмитрий

В общем написал в саппорт, пришел ответ:

Отдел технической поддержки хостинга
Здравствуйте!

Кэширующий модуль PHP можно отключить добавив в файл php.ini директиву:

opcache.enable = Off

В настоящее время выполнили данную операцию, просьба проверить актуальность проблемы в настоящее время.

После этого проблема ушла, видимо директива в .htaccess не всегда работает корректно. Так как доступа к php.ini у меня нет (возможность редактировать его), вопрос решился через саппорт.

<?php
<script>
  (function(i,s,o,g,r,a,m){i['GoogleAnalyticsObject']=r;i[r]=i[r]||function(){
  (i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o),
  m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m)
  })(window,document,'script','https://www.google-analytics.com/analytics.js','ga');

  ga('create', 'UA-104753282-1', 'auto');
  ga('send', 'pageview');

</script>

?>

Вот так правильно, но я не понимаю зачем выносить гугл аналитикс в отдельный файл. Скопируйте содержимое этого файла, вставьте вместе с тегом script в хедер и все.