В моём случае решением является правка PHP скрипта загрузки.
Так вот и ответ на вопрос -
upload_max_filesize = 100M
post_max_size = 1000M
max_file_uploads = 1000
Если эти директивы не помогают, стоит проверить скрипт, важно, что PHP, именно он загружает файлы на сервер.