Для чего вообще выключать его целиком? Обычно достаточно "тушить" диски для снижения шума. Раз он будет лежать на шкафу, вполне можно подобрать бесшумное охлаждение (но тут очень остро встает вопрос пыли, поэтому какой-нибудь корпус, да нужен).
Про выключение дисков:
google [
1] [
2] [
3]
Насчет гибернации: WOL не очень удобен тем, что нужно обязательно руками нажимать какую-то кнопку. Есть еще вариант просыпания при сетевой активности (при поддержке материнки/сетевухи), но большой минус - ложные срабатывания со всеми вытикающими (например, раскрутка дисков посреди ночи).
А вообще, за эти же деньги можно взять роутер помощнее, подключить к нему жесткий диск и не мучиться. Если есть бюджет - взять NAS, например, Synology, который "тащит" тонну разного софта.