На эту тему есть даже запрос в оффициальном github docker https://github.com/docker/docker/issues/7198#issue...

Есть вариант с монтированием в режиме чтения /etc/passwd, /etc/group и пробросом своего uid
Подсмотрено тут: wiki.ros.org/docker/Tutorials/GUI

docker run --rm  -ti \
           -v $(pwd):/tmp/hx \
           -w /tmp/hx \
           -v /etc/group:/etc/group:ro \
           -v /etc/passwd:/etc/passwd:ro \
           --user=$USER \
           debian:jessie

Не уверен что это в общем случае достаточно безопастный способ, но он определенно самый простой и безболезенный если на хосте linux.