nitro2005

Скорее всего у вас копятся исторические данные, которые вполне можно агрегировать и архивировать или переносить на более дешевые носители.
Или, как правильно сказал Sanes - партиционировать.

Виртуалкину сеть в режим bridge, т.о. она будет в вашей локалке, и далее на нее перекинуть порты, наверняка 443.

обычно есть какой-нибудь
make confclean
ну в общем алгоритм примерно такой:

make uninstall
make clean

ну и дальше заново конфигурим, собираем и устанавливаем