nirvimel

Когда счет файлов доходит до миллионов в одном каталоге, то вопрос уже не только в производительности, тут можно столкнуться с гораздо более серьезными проблемами: см. Как лучше организовать электронную библиотеку?

Хранить ли их в одной папке

Ни в коем случае!

Если лучше хранить в дереве папок, то какая глубина вложенности оптимальная?

Цель - распределить файлы так, чтобы в любом каталоге находилось не более тысячи (максимум - несколько тысяч) файлов. То есть, до нескольких миллионов файлов - двух уровней иерархии достаточно.

Почему так? - См. ответ Как лучше организовать электронную библиотеку?

после корявых ручек новых администраторов

случайно удаленные в домашней директории файлы пользователей

достичь максимальной быстрой и простой процедуры восстановления

Возможно, вам не стоило переходить на Linux.